磁珠法分離純化DNA方法

　　磁珠法純化DNA主要是利用利息交換吸附材料吸附核酸，從而將核酸和蛋白質(zhì)等其細胞中其他物質(zhì)分離。本文主要概述了磁珠法純化DNA原理、核酸分離與純化的原則、核酸分離與純化的步驟。
 

　　一、磁珠法純化DNA原理
 

　　磁珠法核酸純化技術(shù)采用了納米級磁珠微珠，這種磁珠微珠的表面標記了一種官能團，能同核酸發(fā)生吸附反應。硅磁(MagneticSilicaParticle)就是指磁珠微珠表面包裹一層硅材料，來(lái)吸附核酸，其純化原理類(lèi)型于玻璃奶的純化方式。
 

　　離心磁珠是指磁珠微珠表面包裹了一層可發(fā)生離心交換的材料(如DEAE，COOH)等，從而達到吸附核酸目的。不同性質(zhì)的磁珠微珠所對應的純化原理是不一致。使用磁珠法來(lái)純化核酸的合適就是自動(dòng)化。磁珠在磁場(chǎng)條件下可以發(fā)生聚集或分散，從而可*擺脫離心等所需的手工操作流程。Omega擁有全面的磁珠法核酸分離試劑盒，基于這種技術(shù)的試劑盒，名稱(chēng)前都有’Mag-Bind’。
 

　　二、核酸分離與純化的原則
 

　　核酸在細胞中總是與各種蛋白質(zhì)結合在一起的。核酸的分離主要是指將核酸與蛋白質(zhì)、多糖、脂肪等生物大分子物質(zhì)分開(kāi)。在分離核酸時(shí)應遵循以下原則:保證核酸分子一級結構的完整性：排除其他分子污染。
 

　　三、核酸分離與純化的步驟
 

　　大多數核酸分離與純化的方法一般都包括了細胞裂解、酶處理、核酸與其他生物大分子物質(zhì)分離、核酸純化等幾個(gè)主要步驟。每一步驟又可由多種不同的方法單獨或聯(lián)合實(shí)現。
 

　　1.細胞裂解:
 

　　核酸必須從細胞或其他生物物質(zhì)中釋放出來(lái)。細胞裂解可通過(guò)機械作用、化學(xué)作用、酶作用等方法實(shí)現。
 

　　(1)機械作用:包括低滲裂解、超聲裂解、微波裂解、凍融裂解和顆粒破碎等物理裂解方法。這些方法用機械力使細胞破碎,但機械力也可引起核酸鏈的斷裂,因而不適用于高分子量長(cháng)鏈核酸的分離。有報道超聲裂解法提取的核酸片段長(cháng)度從<500bp～>20kb之間,而顆粒勻漿法提取的核酸一般<10kb。
 

　　(2)化學(xué)作用:在一定的pH環(huán)境和變性條件下,細胞破裂,蛋白質(zhì)變性沉淀,核酸被釋放到水相。上述變性條件可通過(guò)加熱、加入表面活性劑(SDS、TritonX-100、Tween20、NP-40、CTAB、sar-cosyl、Chelex-100等)或強離子劑(異硫氰酸胍、鹽酸胍、肌酸胍)而獲得。而pH環(huán)境則由加入的強堿(NaOH)或緩沖液(TE、STE等)提供。在一定的pH環(huán)境下,表面活性劑或強離子劑可使細胞裂解、蛋白質(zhì)和多糖沉淀,緩沖液中的一些金屬離子螯合劑(EDTA等)可螯合對核酸酶活性所必須的金屬離子Mg2+、Ca2+,從而抑制核酸酶的活性,保護核酸不被降解。
 

　　(3)酶作用:主要是通過(guò)加入溶菌酶或蛋白酶(蛋白酶K、植物蛋白酶或鏈酶蛋白酶)以使細胞破裂,核酸釋放。蛋白酶還能降解與核酸結合的蛋白質(zhì),促進(jìn)核酸的分離。其中溶菌酶能催化細菌細胞壁的蛋白多糖N-乙酰葡糖胺和N-乙酰胞壁酸殘基間的β-(1,4)鍵水解。蛋白酶K能催化水解多種多肽鍵,其在65℃及有EDTA、尿素(1～4mol/L)和去污劑(0.5%SDS或1%TritonX-100)存在時(shí)仍保留酶活性,這有利于提高對高分子量核酸的提取效率。在實(shí)際工作中,酶作用、機械作用、化學(xué)作用經(jīng)常聯(lián)合使用。具體選擇哪種或哪幾種方法可根據細胞類(lèi)型、待分離的核酸類(lèi)型及后續實(shí)驗目的來(lái)確定。
 

　　2.酶處理:
 

　　在核酸提取過(guò)程中,可通過(guò)加入適當的酶使不需要的物質(zhì)降解,以利于核酸的分離與純化。如在裂解液中加入蛋白酶(蛋白酶K或鏈酶蛋白酶)可以降解蛋白質(zhì),滅活核酸酶(DNase和RNase),DNase和RNase也用于去除不需要的核酸。
 

　　3.核酸的分離與純化:
 

　　核酸的高電荷磷酸骨架使其比蛋白質(zhì)、多糖、脂肪等其他生物大分子物質(zhì)更具親水性,根據它們理化性質(zhì)的差異,用選擇性沉淀、層析、密度梯度離心等方法可將核酸分離、純化。
 

　　(1)酚提取/沉淀法:
 

　　核酸分離的一個(gè)經(jīng)典方法是酚∶抽提法。細胞裂解后離心分離含核酸的水相,加入等體積的酚∶異戊醇(25∶24∶1體積)混合液。依據應用目的,兩相經(jīng)漩渦振蕩混勻(適用于分離小分子量核酸)或簡(jiǎn)單顛倒混勻(適用于分離高分子量核酸)后離心分離。疏水性的蛋白質(zhì)被分配至有機相,核酸則被留于上層水相。酚是一種有機溶劑,預先要用STE緩沖液飽和,因未飽和的酚會(huì )吸收水相而帶走一部分核酸。酚也易氧化發(fā)黃,而氧化的酚可引起核酸鏈中磷酸二酯鍵斷裂或使核酸鏈交聯(lián)：故在制備酚飽和液時(shí)要加入82羥基喹嚀,以防止酚氧化。
 

　　可去除脂肪,使更多蛋白質(zhì)變性,從而提高提取效率。異戊醇則可減少操作過(guò)程中產(chǎn)生的氣泡。核酸鹽可被一些有機溶劑沉淀,通過(guò)沉淀可濃縮核酸,改變核酸溶解緩沖液的種類(lèi)以及去除某些雜質(zhì)分子。典型的例子是在酚、抽提后用乙醇沉淀,在含核酸的水相中加入pH5.0～5.5,終濃度為0.3M的NaOAc或KOAc后,鈉離子會(huì )中和核酸磷酸骨架上的負電荷,在酸性環(huán)境中促進(jìn)核酸的疏水復性。
 

　　然后加入2～2.5倍體積的乙醇,經(jīng)一定時(shí)間的孵育,可使核酸有效地沉淀。其他的一些有機溶劑[異丙醇、聚乙二醇(PEG)等]和鹽類(lèi)(10.0mol/L醋酸銨、8.0mol/L的氯化鋰、氯化鎂和低濃度的氯化鋅等)也用于核酸的沉淀。不同的離子對一些酶有抑制作用或可影響核酸的沉淀和溶解,在實(shí)際使用時(shí)應予以選擇。經(jīng)離心收集,核酸沉淀用70%的乙醇漂洗以除去多余的鹽分,即可獲得純化的核酸。
 

　　(2)層析法:
 

　　層析法是利用不同物質(zhì)某些理化性質(zhì)的差異而建立的分離分析方法。包括吸附層析、親和層析、離子交換層析等方法在內的層析法。因分離和純化同步進(jìn)行,并且有商品試劑盒供應,而被廣泛應用于核酸的純化。在一定的離子環(huán)境下,核酸可被選擇性地吸附到硅土、硅膠或玻璃表面而與其他生物分子分離。另外一些選擇性吸附方法以經(jīng)修飾或包被的磁珠作為固相載體,磁珠可通過(guò)磁場(chǎng)分離而無(wú)需離心,結合至固相載體的核酸可用低鹽緩沖液或水洗脫。該法分離純化核酸,具有質(zhì)量好、產(chǎn)量高、成本低、快速、簡(jiǎn)便、節省人力以及易于實(shí)現自動(dòng)化等優(yōu)點(diǎn)。
 

　　玻璃粉或玻璃珠被證實(shí)為一種有效的核酸吸附劑。在高鹽溶液中,核酸可被吸附至玻璃基質(zhì)上,離液鹽或高氯酸鈉可促進(jìn)DNA與玻璃基質(zhì)的結合。Dederich等用酸洗玻璃珠分離純化核酸,獲得高產(chǎn)量的質(zhì)粒DNA。在該方法中,細胞在堿性環(huán)境下裂解,裂解液用醋酸鉀緩沖液中和后,直接加至含異丙醇的玻璃珠濾板,被異丙醇沉淀的質(zhì)粒DNA結合至玻璃珠,用80%乙醇真空抽洗除去細胞殘片和蛋白質(zhì)沉淀。后用含RNaseA的TE緩沖液洗脫與玻璃珠結合的DNA,獲得的DNA可直接用于測序。
 

　　Elkin等使用羧化磁珠分離純化質(zhì)粒DNA。該法在細胞裂解后,離心分離含質(zhì)粒的水相,再加入羧化的磁粒,然后用PEG/NaCl沉淀,使目的DNA吸附至磁珠,后磁場(chǎng)分離被吸附的DNA,經(jīng)乙醇洗滌,用水洗脫,可獲得高產(chǎn)量的適用于毛細管測序的模板DNA。
 

　　也有用鐵粒為固相支持物,經(jīng)磁場(chǎng)分離而純化質(zhì)粒DNA的報道。細菌用溶菌酶2煮沸法裂解,質(zhì)粒被釋放至懸浮液中,加鐵珠捕獲,用磁場(chǎng)使鐵珠分離,經(jīng)漂洗后用水洗脫質(zhì)粒,可獲得高產(chǎn)量、測序級的質(zhì)粒DNA。
 

　　親和層析是利用待分離物質(zhì)與它們的特異性配體間所具有的特異性親和力來(lái)分離物質(zhì)的一類(lèi)層析方法。Chandler等報道了一種用肽核酸(PNA)分離核酸的方法。PNA是一類(lèi)以N-(2-氨乙基)2甘氨酸結構單元為骨架的DNA類(lèi)似物,可作為純化皮克(pg)級核糖體DNA(rDNA)和核糖體RNA(rRNA)的試劑。在該方法中,以生物素標記的肽核酸(peptidenucleicacids,PNAs)為探針,以包被了抗生蛋白鏈菌素的磁珠作為固相載體。PNA探針在高鹽環(huán)境下,與目的核酸(DNA或RNA)混合,經(jīng)煮沸、冰浴、溫育雜交步驟后,直接加入包被了抗生蛋白鏈菌素的順磁性顆粒,經(jīng)靜置捕獲PNA-核酸雜交體,水洗而獲得純化的核酸。
 

　　Schluep等亦基于親和層析原理:采用一種三螺旋體DNA的方式進(jìn)行質(zhì)粒DNA的分離。三螺旋體DNA由同質(zhì)嘌呤2同質(zhì)嘧啶雙螺旋鏈與同質(zhì)嘧啶單鏈組成,單鏈上的T識別A·T堿基,對形成T·A·T三聯(lián)體,質(zhì)子化的單鏈胞嘧啶(C+)識別G·C堿基對形成C·G·C三聯(lián)體。在適當的條件下,三螺旋體的結合具有高特異性和高穩定性。將配體聚嘧啶寡核苷酸鏈通過(guò)化學(xué)方法連接至SephacrylS21000SF顆粒上形成親和載體。當含目的序列的質(zhì)粒DNA溶液與其混合時(shí),在酸性環(huán)境(pH4.5～5.5)下,質(zhì)粒結合至親和載體顆粒上,溶液中高濃度的NaCl可穩定三聯(lián)體形式并減少與蛋白質(zhì)、細胞DNA的非特異性結合。經(jīng)一段時(shí)間反應后,顆粒懸浮液被加至一層析柱,用適當的洗脫液改變pH值至堿性環(huán)境,可使三聯(lián)體解聚,質(zhì)粒被洗脫。經(jīng)該法分離質(zhì)粒DNA,質(zhì)粒產(chǎn)量可達到加入量的62%。
 

　　也有用Schizophyllan(SPG)制備親和層析柱分離純化RNA的報道。SPG是一種β21,32葡聚糖,在低溫下,含RNA的流動(dòng)相通過(guò)層析柱,Poly(C)和poly(A)與SPG通過(guò)氫鍵和疏水作用形成復合物而被吸附于柱上,然后通過(guò)改變緩沖液成分,將被吸附的RNA洗脫。親和層析應用于核酸分離與純化的另一個(gè)例子是用oligo(dT)2纖維素層析法從真核細胞總RNA中分離帶poly(A)尾的mRNA。
 

　　在該方法中,短鏈oligo(dT)通過(guò)其52磷酸與纖維素的羥基共價(jià)結合而連接至纖維素介質(zhì)上。當樣本經(jīng)過(guò)oligo(dT)柱時(shí),mRNA因其poly(A)可與短鏈oligo(dT)形成穩定的RNA2DNA雜合鏈,而被連接到纖維素介質(zhì)上,從而與其他RNA分離。在適當的條件下(低鹽、加熱),poly(A)RNA可被水洗脫而得以純化。
 

　　離子交換層析以具有離子交換性能的物質(zhì)為固定相,其與流動(dòng)相中的離子能進(jìn)行可逆交換,從而能分離離子型化合物。用離子交換層析純化核酸是因為核酸為高負電荷的線(xiàn)性多聚陰離子,在低離子強度緩沖液中,利用目的核酸與陰離子交換柱上功能基質(zhì)間的靜電反應,使帶負電荷的核酸結合到帶正電的基質(zhì)上,雜質(zhì)分子被洗脫。
 

　　然后提高緩沖液的離子強度,將核酸從基質(zhì)上洗脫,經(jīng)異丙醇或乙醇沉淀即可獲得純化的核酸。該法適用于大規模核酸的純化。Ferreira等用含0.5MNaCl的TE緩沖液平衡層析柱,加樣后用含1MNaCl的TE緩沖液洗脫核酸,獲得了很好的分離效果。
 

　　(3)密度梯度離心法:密度梯度離心也用于核酸的分離和分析。雙鏈DNA、單鏈DNA、RNA和蛋白質(zhì)具有不同的密度,因而可經(jīng)密度梯度離心形式形成不同密度的純樣品區帶,該法適用于大量核酸樣本的制備,其中氯化銫2溴化乙錠梯度平衡離心法被認為是純化大量質(zhì)粒DNA的方法。氯化銫是核酸密度梯度離心的標準介質(zhì),梯度液中的溴化乙錠與核酸結合,離心后形成的核酸區帶經(jīng)紫外燈照射,產(chǎn)生熒光而被檢測,用注射針頭穿刺回收后,通過(guò)透析或乙醇沉淀除去氯化銫而獲得純化的核酸。